本發(fā)明提供一種利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)確定有機(jī)物結(jié)構(gòu)的方法和系統(tǒng)，涉及化學(xué)分析技術(shù)領(lǐng)域。該方法，包括以下步驟：S1、獲得碎片片段結(jié)構(gòu)；S2、對(duì)所述碎片片段結(jié)構(gòu)計(jì)算得出相應(yīng)的相對(duì)分子質(zhì)量和質(zhì)荷比；S3、存儲(chǔ)已知結(jié)構(gòu)的有機(jī)物及其碎片片段結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)信息；S4、將待確定結(jié)構(gòu)的有機(jī)物信息輸入數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)；S5、給出設(shè)定權(quán)重范圍內(nèi)的有機(jī)物的化學(xué)信息和質(zhì)譜測(cè)試對(duì)應(yīng)質(zhì)荷比的碎片片段結(jié)構(gòu)信息。通過將數(shù)千萬化學(xué)有機(jī)物質(zhì)在含有質(zhì)譜裂解規(guī)律的算法下將其結(jié)構(gòu)碎片化處理，然后將他們集成數(shù)據(jù)庫(kù)，以供查詢匹配，數(shù)據(jù)量更加豐富，包含的裂解情況更多，給予的參考價(jià)值更高，縮短了質(zhì)譜解析時(shí)間，提供優(yōu)選的直觀分析結(jié)果，可以顯著提高工作效率。