本發(fā)明涉及一種整體蛋白質(zhì)定量分析方法，首先將兩組不同生理或病理?xiàng)l件的整體蛋白質(zhì)分別作為控制組與疾病組，并分別對(duì)可能存在的二硫鍵進(jìn)行還原，同時(shí)對(duì)巰基進(jìn)行烷基化保護(hù)；然后對(duì)兩組烷基化的蛋白質(zhì)的氨基酸特定官能團(tuán)進(jìn)行全同重化學(xué)共價(jià)標(biāo)記；同重標(biāo)記后兩組蛋白質(zhì)按等比例混合進(jìn)行高分辨質(zhì)譜和串級(jí)質(zhì)譜分析得到一個(gè)數(shù)據(jù)組；最后對(duì)數(shù)據(jù)組進(jìn)行定性、定量數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，得到蛋白質(zhì)的ID及疾病組每一個(gè)蛋白質(zhì)相對(duì)于控制組的相對(duì)比例，即疾病條件下所有蛋白的上調(diào)或下調(diào)情況，上調(diào)或下調(diào)倍數(shù)最大的蛋白即為與該疾病發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的蛋白。與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明方法標(biāo)記效率高，準(zhǔn)確度高，適用于整體蛋白質(zhì)基于高分辨串級(jí)質(zhì)譜的定量分析。