本發(fā)明公開了基于深度自編碼和自適應(yīng)融合的藥物新用途預(yù)測(cè)方法，包括：將藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和藥物靶蛋白數(shù)據(jù)融合、降維，得到藥物特征數(shù)據(jù)；利用藥物特征數(shù)據(jù)，計(jì)算藥物相似度，通過藥物相似度計(jì)算藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值；利用藥物副作用數(shù)據(jù)，計(jì)算藥物相似度，通過藥物相似度計(jì)算藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值；使用藥物?疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)計(jì)算疾病相似度，通過疾病相似度計(jì)算藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值；分別確定計(jì)算的藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值的權(quán)重；融合計(jì)算的藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值，得到融合后的藥物對(duì)疾病的預(yù)測(cè)值。本發(fā)明融合分別基于藥物相似度、疾病相似度計(jì)算得到的藥物?疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)值，得到融合后的藥物對(duì)疾病的預(yù)測(cè)值，提高了預(yù)測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確度。