本發(fā)明公開了一種利用計(jì)算機(jī)模擬蛋白質(zhì)相互作用的方法。該方法利用NAMD_2.6_LINUX-I686計(jì)算軟件和VMD-1.8.5分析軟件在PC機(jī)上進(jìn)行分子動力學(xué)模擬,首先將PDB數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)制成適當(dāng)?shù)难芯矿w系,然后對該體系進(jìn)行能量最小化處理,將體系加熱到設(shè)定溫度后,再對體系進(jìn)行多步平衡處理,接著對體系實(shí)施分子動力學(xué)模擬,最后研究蛋白質(zhì)在設(shè)定條件下所有原子的運(yùn)動軌跡、構(gòu)象變化和變化過程中起關(guān)鍵作用的氨基酸殘基。該方法不需借助于大型計(jì)算機(jī)和高性能計(jì)算中心,設(shè)備要求低,CPU利用率高,所用機(jī)時(shí)短并且結(jié)果準(zhǔn)確可靠,便于在與分子識別和蛋白質(zhì)動力學(xué)行為相關(guān)的生命科學(xué)和物理化學(xué)以及醫(yī)藥領(lǐng)域廣泛應(yīng)用。
聲明:
“利用計(jì)算機(jī)模擬蛋白質(zhì)相互作用的方法” 該技術(shù)專利(論文)所有權(quán)利歸屬于技術(shù)(論文)所有人。僅供學(xué)習(xí)研究,如用于商業(yè)用途,請聯(lián)系該技術(shù)所有人。
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